在明朝末年确实出现了以黄宗羲、顾炎武、王夫之为代表的一股思想界的清流，他们提倡经世致用，反对皇权专制，尊重唯物主义，甚至出现了早期民主自由思想，但这些人的思想的提出都是出于对理学和心学思想的反对，是对孔孟思想的回溯和升级，并不是资本主义思想，充其量可以说是具有与资本主义思想相似的特征。
虽然明朝出现了内阁，但此内阁非彼内阁，跟英国的内阁完全是两回事。英国的内阁总理国家一切事物，彻底隔绝英国国王和政务之间的关系，国王成为了摆设，但明朝的那内阁却是皇帝的秘书班子，跟皇帝是捆绑在一起的，是皇权加强的体现，并不是民主化思潮出现的表现。在明末皇权专制进一步加强的情况之下，是不可能产生资本主义思想，也不会出现资本主义萌芽，不能因为明朝末期由于几家有雇佣工人的纺纱作坊的出现就断定明朝已经出现了资本主义萌芽。
张居正的一条鞭法要求所有的国民缴纳赋税时必须用银两，确实促进很多人从事商业活动，推动了商品经济的发展，但力量小得可怕。明朝由于其强大的中央集权要求士农工商各等子民都是职业世袭，只有商人的子弟才能进行经商，农民的子弟还只能是从事农业生产。明朝时期，商人的地位仍然是非常低贱的，游走各地还得穿上特殊的衣服，接受各地官府的管制，交纳很沉重的商业税，在专制集权重压之下，商品经济是成不了气候的，自然没有办法形成自由市场，职业世袭也难以为市场提供自由的劳动力。
明朝最重要的生产资料土地没有在市场中自由买卖，土地兼并进一步加剧，明朝的皇室子孙占有的土地数量更是大到惊人。这跟英国的圈地运动是不一样的，英国圈占土地之后是发展成了大型的农牧业，是再生型经济，而明朝的土地兼并则是暴力掠夺型的。被剥夺土地的农民变成了流民，成为了颠覆明朝政权的主力军。