17世纪对农民来说并不是一个好的时代。农业产量下降，饥荒摧毁社区，流行病席卷欧洲。但农民在另一个重要方面，仍然比西班牙哈普斯堡家族好：他们没有因为蓄意的近亲繁殖而尝尽苦果。
查尔斯的父亲，国王菲利普四世，在他10岁时，父母就把他的第一次婚姻，安排给了法国国王的女儿。在他们的八个孩子中，只有两个是男孩，而且都在继承王位之前就去世了。在第一任妻子去世后，菲利普与自己的侄女，奥地利的玛丽安娜再婚。这对夫妇有两个女儿和两个儿子，但儿子还是儿童的时候就去世了。
1527年到1661年，也就是查理二世出生的那一年，西班牙王室共生了34个孩子。其中近30%的人在1岁之前就去世了，有一半人在10岁之前去世。令人震惊的是，世界上最富有的家族之一的死亡率，比西班牙平民还要高，后者的婴儿死亡率约为20%。而这一切都是因为选择了在家族内部选择近亲来结婚。
近亲繁殖是欧洲皇室的普遍做法——这被称为皇室通婚。两个世纪以来，西班牙哈普斯堡家族通过与家族内部联姻，来维护王室遗产。在16和17世纪，他们绝大多数的婚姻都是与血亲之间。
哈布斯堡家族为他们的近亲繁殖辩护，声称这种做法加强了世系继承，帮助巩固了政治联盟。为了确保血统纯正而实行的通婚，带来了大量的遗传疾病和畸形，并最终摧毁了君主制。
查理继承了一个可以追溯到16世纪的庞大帝国，当时他的祖先查理五世统治过德国、奥地利、荷兰、西班牙和新大陆的大片领土。他辽阔的疆域被描述为“太阳永不落的帝国”。
财富通过西班牙的主要港口城市塞维利亚涌入西班牙，塞万提斯把塞维利亚描述为“一个寻找冒险的地方，因为在每一条街道和每一个街角，都有比其他任何地方都多的冒险。”西班牙的横渡大西洋的船队，每年两次出现在美国，船上载有黄金和白银以及可可、菠萝和辣椒等外国奢侈品。但所有西班牙帝国的财富，都无法阻止哈布斯堡王朝的衰落。
西班牙在17世纪经历了长期的衰退。在1580年到1630年间，数百万磅的白银涌入西班牙，然后大量的白银流入欧洲市场，造成了西班牙货币的极度通货膨胀。君主制承担了巨额债务，同时为欧洲和美洲的战争，提供了大量资金。
但哈普斯堡家族领导不力，也是导致人数下降的原因之一。历史学家J.H. Elliot在他的著作《西班牙帝国》(Imperial Spain)中，这样描述查尔斯二世(Charles II)的统治：“这个衰落王朝最后一个遗迹，被留下来管理着一个支离破碎的君主政体，而它本身，也不再是伟大帝国”国王根本无法统治他的帝国，帝国再也无法达到16世纪的巅峰。
很明显，查理活不长了，而且没有自己的孩子。1700年，查理颁布了他的遗嘱。在文件中，查尔斯选择了菲利普，安茹公爵，作为他的继承人。菲利普是查尔斯妹妹的孙子，她嫁给了法国路易十四。但查尔斯的死并没有带来平稳的继承，反而引发了多年的战争。
查理是西班牙哈布斯堡家族的最后一个成员，由于西班牙帝国的富裕，许多其他欧洲强国都想夺取王位。在查尔斯死之前，英国人，荷兰人和法国人就已经在讨论如何瓜分他的帝国了。
西班牙王位继承战争，从1701年一直持续到1713年，当时强大的法国君主路易十四，为了让他的孙子登上王位，与英国、荷兰和神圣罗马帝国的联盟作战。这场战争夺去了一百多万人的生命，最后，一位法国波旁王朝的君主，登上了西班牙的王位。
