由于下巴变形，几乎不能吃东西。并且患有佝偻病、还时常会有幻觉，还有一个超大的头。不过他对此无能为力，也不能正常生育。西班牙的查理二世，世界上最大帝国之一的国王，却几乎不能说话或走路——这都是因为他的王朝是近亲繁殖。
皇室近亲繁殖导致的基因突变和出生缺陷，可能比已经估计的乱伦导致的基因突变更加糟糕。事实上，由于西班牙查理二世的近亲血统，导致了西班牙查理二世的死因：35岁时，他的头发都掉光了，并几乎不能走路。到了39岁他死时，因为没有继承人，导致欧洲陷入血腥的战争，各国都在争夺他的王位。
当然，西班牙的查尔斯二世是故意被近亲繁殖的。他的父亲娶了自己的侄女，这意味着查尔斯的母亲也是他的表亲，他的父亲也是他的叔叔。而这仅仅是个开始：西班牙哈普斯堡家族(habsburg)蓄意通婚超过200年，使他们成为历史上最奇怪的王室成员之一。
有了这些基因问题，我们很难不去想：西班牙查理二世到底长什么样？他那突出的哈布斯堡式下巴，使他几乎不可能吃东西，还经常流口水。他又矮又瘦，也很虚弱。但他的家人雇了艺术家，让世人觉得他强壮又健康。尽管如此，几个世纪以来近亲繁殖的结果，是无法隐藏的。查理是最后一个西班牙哈布斯堡王朝，虽然强大，但通过近亲繁殖结束了自己的历史。
查尔斯的两位曾祖父，一位娶了自己的侄女，另一位娶了他的堂姐。因为他的父母关系密切，查尔斯也是他母亲的第一个表兄和他父亲的曾甥。他的祖母也是他的姑妈。而查尔斯的家谱，可以追溯到一对单身夫妇：住在卡斯提尔的菲利普和乔安娜，他们生活在16世纪。
查尔斯可能患有两种遗传疾病：合并垂体激素缺乏和远端肾小管性酸中毒。第一个是由脑下垂体产生激素的基因突变引起的，是导致查尔斯身材矮小、不育和阳痿的原因。它还会导致肌肉无力和消化问题。
第二种是由基因突变引起的，使肾脏难以通过尿液排出酸。它会导致血尿，肌肉虚弱，头部相对于身体大小过大。
尽管画家们试图把查尔斯二世，描绘成一个健康、强壮的国王，并隐藏这位统治者身体状况的真相。随着年龄的增长，他的癫痫越来越严重，经常受到麻疹、风疹、口腔和支气管感染、频繁腹泻和呕吐等疾病的困扰。
他还有著名的哈布斯堡式下巴。突出的下巴使查尔斯几乎无法咀嚼食物。据英国使节亚历山大·斯坦霍普(Alexander Stanhope，查理二世)说，“他把吃的东西都吞了下去，因为他下颚太突出了，两排牙齿都长不齐。”
查尔斯结过两次婚，第一次是在18岁，第二次是在29岁，但两次都不能生育，其中一位妻子抱怨查尔斯阳痿。据了解，30多岁的查尔斯看上去像个老人。1698年，法国大使Marques d’harcourt在给路易十四的信中写道，查尔斯“脚、腿、腹部、脸肿胀，有时甚至舌头肿胀，使他不能说话”，“身体虚弱，一两个小时都不能下床”。
他与如此多的身体疾病作斗争，因此获得了“被蛊惑者”的称号，甚至在他死后，他这样的名声还在继续。皇室进行了尸检，这对大多数皇室来说并不常见，但查理二世是个例外。根据尸检，这位被施了魔法的国王“心脏很小，只有一粒胡椒那么大，肺部被腐蚀，肠子腐烂变质，肾脏里有三颗大石头，一个黑得像煤一样的睾丸，而他的脑袋里装满了水。”这样的结果可能被夸大了，但它证明了他在同时代人中的声望。
1661年查理二世出生时，他的父母一定认为他活不长了。当代著作称这个婴儿为“大脑袋”和“虚弱的母乳喂养婴儿”。查尔斯四岁时才会说话，八岁时才会走路。尽管许多绘画都试图把查尔斯描绘成一个健康的婴儿，但他从一出生就身体虚弱，身体不适。
查理四岁时父亲去世，于是他继承了西班牙王位。但即使是他自己的家人，也怀疑他是否能够独自统治——他的母亲成为了男孩的摄政王。历史学家斯坦利·g·佩恩(Stanley G. Payne)形容年轻的查尔斯是“可怜的王子”，是“西班牙哈布斯堡王朝五代近亲繁殖的堕落产物”。