当然，王闿运在肃府任教读的这一段经历，既断绝了他往后往官场走的路，也促成他养成了鄙视高官、桀骜不羁的态度和性格。
此后，王闿运当幕僚，当书院院长，当国史馆馆长等，主要是从事教育和文史方面的工作，从未成为正式的官员。而最能体现王闿运纵横家理念的是他大胆为曾国藩提出了一个绝妙的策略。
同治元年（1862年），王闿运回到湖南，应邀进入湘军，成为曾国藩的幕僚。但王闿运主治《春秋公羊传》，重“改制”，讲“变易”，推崇纵横家理念，而曾国藩是晚清有名的理学家，重礼教，遵“道统”，对于“改制”极为谨慎，所以，王闿运与曾国藩常所议不合，不久，王闿运便离开了湘军幕府。
有一个很典型的例子可以说明王闿运与曾国藩的主张是大不一样的。
之前，曾国藩对王闿运还是很欣赏的，咸丰三年（1854年），曾国藩开始举办团练，王闿运曾写信给他，提出了一些好建议，受到了曾国藩的赞许和接纳。后来，曾国藩幕府中不少人被提拔而升官，而王闿运却没有能升官，这可能与曾国藩对他的纵横思想有些担心有关，担心若王闿运进入官场，会惹出一些麻烦，加上之前王闿运的肃府经历，这是当时官场所忌讳的。
1858年11月，湘军在三河镇被太平军击败，曾国藩非常悲观消沉，而王闿运急忙赶到曾国藩驻扎的江西建昌，陪着曾国藩，伴着他共度艰难时期，与曾国藩两次密谈至三更时分。
后来，在曾国藩指挥下，湘军不断强大，成了当时清政府唯一可以与太平军抗衡的军事力量。王闿运精通春秋公羊之学，谙熟纵横家学说，有“改制”思想，敢于“变易”，对古代的“帝王之学”也颇有研究，他知道历史上开国帝王纵横捭阖的策略。
有这样一种纵横理念，他结合当时的政治军事局势，对于清廷、湘军与太平军矛盾状态和发展趋势是有比较深入的了解的。
根据时局，王闿运为曾国藩提出一个惊人的策略，他劝曾国藩拥兵自立，建立湘军进攻太平军不要太着急，将天下大局逐渐导向三足鼎立之势，以便曾国藩从中图谋。在王闿运看来，满清王朝的政治根基已经腐烂，很难持续；太平天国内部矛盾重重，内耗十分严重，无法形成大的政治气候；惟有湘军的势力处于发展壮大之中，只要湘军蓄势而图日益强大，坐观清廷与太平军在角逐中衰落，曾国藩便可率领湘军，择机收拾残局，将江山之主由爱新觉罗氏改为曾氏。
曾国藩
王闿运的这一策略，可谓极为大胆，又非常精到。而这一策略让曾国藩一连数夜未眠，这既引发了曾国藩对于当时局势的深思；又让曾国藩感到惊恐万分。这是谋逆的计策，一旦触及了，搞得不好，是要被诛九族的。
曾国藩是理学家，又是以忠孝任义的旗帜拉起湘军队伍的，在他内心深处，乃是忠君占主导，所以，曾国藩不但没有接纳王闿运的策略，而且，他从此以后，他便疏远王闿运，担心这位有“叛逆”思想的狂士会给他带来政治祸难。
王闿运一直对曾国藩没有能接纳他的建议感到可惜，事隔多年，王闿运曾对他的门生杨钧讲起这件事，他说：“曾大帅功高望重，将士用命，他何不乘机夺取江山，自立为帝呢？何苦白替他人卖力？”他说，当时曾国藩在听王闿运的策略时，一语不发，只是在书案的纸上写着：“妄”“谬”。
咸丰十一年（1861年），王闿运还建议曾国藩自请入京，阻止慈禧太后垂帘听政，避免后宫干政。而曾国藩是个谨慎的人，当然不会采纳王闿运的建议。
其实，王闿运虽精通“春秋公羊学”，谙熟纵横家学说，但他不了解时局，晚清已不是战国时代，不是纵横家发挥才能的时候了，没有列国纷争，只有一个腐朽但仍极力在维护专制集权的顽固力量在垂死挣扎。“辛酉政变”肃顺等八位“顾命大臣”被诛杀了，慈禧垂帘听政，独揽朝中大权。清王朝垂而不死，曾国藩所统帅的湘军，虽力量不弱，但也不敢造次，别说他有忠君思想，有“道统”观念，就是他真的举起反清旗帜，也仍很难真正成功。
王闿运虽然一直在为曾国藩感到遗憾，他当时的现实局势，也很难证明王闿运的策略是对的。
