光绪元年（1875），曾国藩长子曾纪泽知道王闿运才识非凡、史学渊博，且对湘军很熟悉，于是，请他主修《湘军志》。王闿运真的把这事揽下了。他用了两年时间走访调查湘军事迹，并想办法借阅了军机处的大量档案，他还仔细阅读了曾国藩的日记，请人制作了湘军与太平军作战的地图，最后，他完成了十一万字的《湘军志》。而这一部专史，被后代学者称为是“文笔高朗，为我国近千年来杂史中第一声色文学。”认为该书“是非之公，推唐后良史第一”。
这是因为，王闿运在编写《湘军志》时，坚持以严肃的态度、公正的立场。在该书里，他一方面恰当地褒扬湘军的英勇善战和功勋战绩；另一方面，他对湘军创建初期屡战屡败的实际经历，对曾国藩战役指挥时“用将则胜，自将则败”等作了真实记录；特别是对曾国荃攻破江宁之后纵军掳掠抢劫也做了真实披露。所以，《湘军志》编印之后，湘军将领看了非常气愤，认为该书乃是“谤书”。曾国荃看到记录他进天京后烧杀抢掠事实时，气得大喊要宰了王闿运。王闿运只好把《湘军志》的刻板全部交给了曾国藩的得力幕僚郭嵩焘，将刻板毁了，王闿运才没有遭曾国荃的惩治。才得免祸。《湘军志》直到光绪九年九月（1883年）才四川重刻再版。
王闿运离开湘军阵营之后，主要是从事教育活动了。他担任多个著名书院院长的职务，非常用心地教育学生，他培养的学生后来不少成了名人。
光绪五年（1879年），四川总督丁宝桢邀请王闿运应担任成都尊经书院山长。
王闿运的教育方法有两个特点，一是他在教学中不像平日里对待官员的态度那样，狂狷谐谑、锋芒毕露，而是很严肃、很严格、很认真，他爱护学生，尽其所能教育学生，他要求严格，每天有日记，每月有课卷。
杨度听了，眼睛都亮了，兴奋不已，他恭敬地对王闿运说：
“先生之学问，浩浩乎如同大江之长流，決決兮如同东海之扬波，先生之声望，朗朗然如同北斗之在天，巍巍焉如同泰山之镇地。学生愚昧，幸蒙我师指点迷途，得以负笈东洲，求学书院。学生虽极慕翰苑清贵，开府权重，又想著作等身，文坛传名，然辅一代名主，成百年相业，更为学生所朝思暮想，所惜以求。”（同上）
杨度停顿一下，感到王闿运很欣赏他的说法，他便大胆说：
“不是学生今日在先生面前说大话，学生从小便自认有领牧天下之才，越办大事越有精神，越处难境越有兴致，且生性顽梗，不达目的，绝不罢休。先生请置功名、诗文之小道于一边，教学生以帝王之大学以竟先生年轻时未竟之志，为天下苍生谋求福社。清君侧，诛权臣，自来干大事者横尸路旁的多得很，学生不敏，然于此则早已深知。学生主意已定，倘若蒙先生所教，能成就一番大业，虽不得善终，亦心甘情愿。”（参看唐浩明《杨度》）
杨度
王闿运后将帝王之学都教给了杨度。光绪三十四年春天，袁世凯、张之洞联名保荐杨度，认为他“精通宪法，才堪大用”，提出调他进京出任宪政编查馆提调，候补四品京堂衔。朝廷恩准。王闿运得到消息后很高兴，他对杨度说：官场复杂，处政极难，号称“中兴名臣”之人，皆以知人著称，而实乃名不副实。胡文忠（胡林翼）求人才而不知真才，曾文正（曾国藩）收人才而不能用才，左文襄（左宗棠）访人才而不容才，诸贤皆如此，何况其他人！
杨度求教恩师进入京师的立身之道，王闿运送他六字个字——“多见客，少说话。”
杨度后来成了一代纵横大才。
民国五年（1916年），83岁高龄的王闿运在家乡无疾而终，逝世后，当时仁总统的黎元洪亲作神道碑文，而他的得意门生杨度写了挽恩师的名联：
“旷古圣人才，能以逍遥通世法；平生帝王学，只今颠沛愧师承。”
二是传授给学生独特的学习经典的方法。他对学生说：“治经於《易》，必先知易字含数义，不当虚衍卦名；於《书》，必先断句读；於《诗》，必先知男女赠答之辞，不足以颁学官，传后世，一洗三陋，乃可言《礼》，《礼》明然后治《春秋》。”对《易》《书》《诗》《礼》指出了与当时教学不一样的学习要点。此外，他还强调：“说经以说宇为贵，而非识《说文解宇》之字为贵”，“文不取裁放古则亡法，文而毕摹乎古则亡意。”指出了学古文需要创新性的理解。当时蜀地比较堵塞，通儒不多，王闿运的教学理论让当地的士子耳目一新，使学子们能深入地了解该如何研诵经史，注疏经典。
