朱常洛当上太子后，十分不太平先是明万历三十一年（1603年）京城传出万历帝要改立太子，矛头全部指向郑贵妃，万历帝并未处理郑贵妃，反而京城中逮捕了不少人。明万历四十一年（1613年）京城又传出郑贵妃及福王朱常洵预谋杀害太子朱常洛一事，万历帝本想将福王驱赶出出京就藩，由于郑贵妃阻止未能成功就藩。
万历时期“梃击之案”
万历四十三年（1615年）五月初四，一名叫张差的男子手持木棍，闯入宫中进入太子朱常洛住所打伤多人，太子的内官闻知消息后手持木棍打倒男子将其抓获，这才让宫中平静下来。万历帝认为该是十分蹊跷，皇宫戒备森严之地，常人不可能随意进出，一个升斗小民持棍入宫伤人，本就有太多疑问，他命令官员们细查此事。
经过几日细查，张差交代这件事幕后主谋是庞保、刘成，这两人是郑贵妃心腹宦官，为保住二人郑贵妃急忙向万历帝哭诉。万历帝见此事不好处理，便让郑贵妃去找太子朱常洛求情。
朱常洛见父亲态度不明了，便打算给郑贵妃一个台阶，于是便提出全部事情由张差一人承担，其他人不必牵连。这让万历帝十分高兴，认为太子处理甚秒，最终张差被处死。
庞保、刘成见首要证人张差已死，便全部否认此事和他们有关，万历帝见此事深究下去必然影响郑贵妃，便密令将庞保、刘成两人处死，从而让这件案子成为一起无头案。
朱常洛即位为帝，一月不到便死于“红丸”
明万历四十八年（1620年）7月，万历帝驾崩，太子朱常洛顺利即位，改元泰昌。根据相关资料记载，泰昌帝登基仪式上，无论走路姿态，还是整体仪态并无病态。泰昌帝朱常洛总览大权后，给辽东及边关将士发饷银，取消相关苛捐杂税，增补官员进如内阁，确保中央运转，从中能看出泰昌帝朱常洛打算割除万历时期弊政，做一位有为之君。
原本朝臣门希望他能带大明走向富强，可谁也没想到即位仅一个月年轻力壮泰昌帝突然驾崩，泰昌帝朱常洛驾崩让他成为了大明历史上在位时间最短的皇帝。
登基仪式十天后，泰昌帝朱常洛便一病不起，究竟他得了何病也未找到相关资料，当时我们根据《国榷》、《罪惟录》均有相关记载郑贵妃进献美女数人服侍泰昌帝朱常洛，从这里能看出，泰昌帝朱常洛除了处理政务后，大部分时间在后宫。
泰昌帝朱常洛发现自己身体不行后，便让内管崔文为其医治，崔文升本就是郑贵妃亲信，泰昌帝朱常洛登基后将其升为秉笔太监，泰昌帝朱常洛生病消息传人郑贵妃耳朵中外，便让他为皇帝下“泻药”，这让泰昌帝朱常洛身体越发虚弱。大臣们对崔文升所用之药是否符合医理一事进行批判，认为崔文升不懂医理给皇帝使用泻药，从而让泰昌帝朱常洛身体一日不如一日。大臣们多番建议之下，泰昌帝朱常洛将崔文升赶出皇宫。泰昌帝朱常洛深知自己身体状况不佳，便想着是否有什么灵丹妙药拯救自己。
明泰昌元年（1620年）8月29日，鸿胪寺丞李可灼见皇帝病危，便打算献上 一枚仙丹给泰昌帝朱常洛食用，忘其病状可以早日抗日。泰昌帝朱常洛闻知有灵丹妙药便让其速去炼制。中午时候，鸿胪寺丞李可灼调制好一颗红色药丸交代皇帝让其食用，泰昌帝朱常洛服用后认为自己身体无恙，便让鸿胪寺丞李可灼再去炼制一颗红丸。御医认为皇帝应该在看看，可泰昌帝朱常洛似乎抓到了救命稻草一般决定在服用一颗。泰昌帝见药效还不错，便让李可灼进献仙丹，李可灼提出服用药丸后要三天后才能继续服用。继续服用仙丹后，泰昌帝朱常洛身体似乎好了不少，除了在内宫休息外，还能走出殿外。
明泰昌元年（1620年）9月26日，泰昌帝朱常洛夜里突然驾崩。大臣们便围绕着这件事情进行议论，内阁大臣方从哲、李可灼两人虽受到牵连，可由于本身就是抱着试一试态度，让两人并未负什么责任。不久后，内阁大学士将进药详细情况告知明熹宗，才让方从哲摆脱困境。可关于药效用了一定了解，红丸性让，正好同崔文升的泻药相反，这让身体本就不太好的朱常洛，最终无法忍受两种药物折磨而死。
泰昌帝死后一个月，朝中便因此事展开大规模攻击，最终明熹宗下旨让崔文升去了南京，李可灼发配边疆，“红丸案”就这样草草结束，也没有最后结论，泰昌帝朱常洛是否跟红丸案有关成为一段密案。
