按照两汉军制，军中中下级将佐的级别是这样的：五人为一伍设一伍长、两伍为一什设什长、五什为一队设队率、两队为一屯设屯长、两屯为一曲设军侯、两曲为一部设军司马，通常五部为一营设校尉，简单点说就是队率领兵50人，屯长领兵100人，军侯领兵200人，军司马领兵400人，校尉领兵2000人，有时候在军司马和校尉之间还有领兵800人的都尉这个级别存在。
校尉之上是中郎将、裨将军、偏将军和杂号将军，再之上就是四安四平四镇四征四方将军等等，两汉将军不常设，领军出征的往往不是中郎将就是校尉，比如平定黄巾起义的汉末三杰卢植、皇甫嵩、朱儁三人率军平叛时的军衔都只是中郎将而已，所以军司马级别其实不低了（当然后面校尉和中郎将甚至杂号将军都泛滥了另当别论）。
军司马比较重要，按现在的说法军司马可以看作是尉官和校官的分水岭，汉末三国时期军司马是个常设的军职，不少名将都有出任过军司马的经历，比如张郃在韩馥麾下时就是军司马，《三国志》记载：“汉末应募讨黄巾，为军司马，属韩馥。”
除了军司马之外，汉末三国还有一个更为常见的职位那就是别部司马，出任过别部司马的人就更多了，比如曹仁和夏侯渊最开始就是别部司马，张飞和关羽也有此经历，江东十二虎臣大部分人投效于孙策和孙权麾下时也是从别部司马干起，就连孙坚自己也出任过别部司马，那么这两者哪个含金量更高？我们一一来说一下。
军司马在校尉之下，统领兵马400人，而别领营属者称为别部司马，也就是说别部司马是独立于正规编制之外的，独立性比较强；早期别部司马是直属于大将军的，东汉末年军制混乱，别营和别部司马也日趋增多，多被各路诸侯用作收编流散武装以增强自身实力的工具，或者是给投效于自己麾下的人一个相对独立的编制，所以别部司马麾下兵马往往远远大于军司马的400人。
曹操起兵之初，投奔他的本家和大将有不少人一开始就是被授予别部司马，比如曹仁和夏侯渊。
《三国志-曹仁传》记载：“仁亦阴结少年，得千馀人，周旋淮、泗之间，遂从太祖为别部司马，行厉锋校尉。”
《三国志-夏侯渊传》记载：“太祖起兵，以别部司马、骑都尉从。”
曹仁有兵马一千多人，曹操授予他的就是别部司马而非军司马，而且还代理厉锋校尉一职；夏侯渊一来也是别部司马，官渡之战期间“行督军校尉。”
江东诸将出任过别部司马的更多，就拿江东十二虎臣来说，至少有一大半人都是从别部司马开始一步步升迁的，比如黄盖、韩当、蒋钦、陈武、周泰、董袭、潘璋、徐盛、凌统等人莫不如此。
《三国志-蒋钦传》记载：孙策之袭袁术，钦随从给事。及策东渡，拜别部司马，授兵。
《三国志-陈武传》记载：孙策在寿春，武往脩谒，时年十八，长七尺七寸，因从渡江，征讨有功，拜别部司马。
《三国志-徐盛传》记载：孙权统事，以为别部司马，授兵五百人，守柴桑长，拒黄祖。
江东多别部司马是有原因的，这和江东特殊的兵制有关，因为投于孙氏麾下者大部分都是带兵前来，这些兵马都是他们各自的私兵部曲，所以孙坚、孙策和孙权大手一挥统统授予别部司马，让他们统领自己的私兵部曲。
孙坚的履历则更能说明问题，孙坚初从朱儁平豫州黄巾军时一开始是军司马，《三国志-孙坚传》记载：“表请坚为佐军司马。”
在攻克宛城一战中立下军功之后：“儁具以状闻上，拜坚别部司马。”由军司马拜为别部司马，很显然别部司马级别更高一点。