可是呢，朱元璋还是不放心，尤其是对燕王朱棣，所以朱元璋又下达了一道与遗诏矛盾的命令，召燕王朱棣入京（《明太宗实录》：三十一年闰五月，太祖不豫，遣中宫召上，上已至淮安，太孙与齐泰等谋诈，令人赍敕符，令上归国，及太祖太渐，问左右：燕王来未？凡三问，无敢对者）。
其实从中不难看出，朱元璋召燕王朱棣入京，应该是想敲打敲打朱棣，让他老实点。可是朱允炆却害怕朱元璋改变心意，让燕王朱棣登基为帝，为了保险起见，于是干脆就没有让朱棣进京，以至于朱元璋最后还是没有等到朱棣。而朱元璋临死前三问“燕王来未”也无人敢答，最终化为了数年后燕王朱棣和建文帝朱允炆的兵戎相见。
